甲减有遗传倾向，有可能会遗传给孩子。甲减为常染色体隐性遗传。甲状腺合成的时候需要多种酶，而因为某一种酶在与甲状腺蛋白合成酶的过程中产生缺陷，从而使甲状腺合成产生障碍。导致先天性甲减最常见的原因就是甲状腺发育不良或者异位或缺如，产生原因可能与其母亲有关，因为患儿母亲体内出现了一种抗体，它能阻断甲状腺生长发育。患有自身免疫性甲状腺炎的孕妇，因为免疫球蛋白直接通过胎盘对胎儿的甲状腺产生抑制作用，阻止其发育。引起甲状腺发育不良的部分原因可能与基因突变有关。
