引起胚胎停育的原因有很多，临床上面胚胎停育大部分可能跟胚胎染色体异常有关，尤其是早期胚胎停育，67-70%与此有关。如果胚胎染色体异常、基因突变，可能会导致胚胎停育。
染色体异常来源可能是精子，卵子，也可能是受精卵减数分裂过程中异常引起的胚胎停育。但是部分胎儿停育还有可能跟母体疾病有关，比如出现妊娠期高血压、糖尿病或系统性红斑狼疮等疾病后，可能会影响到胎儿的正常发育，出现胚胎停育。
部分胎儿停育还有可能跟日常生活习惯和环境因素有关，如果长期接触有毒有害物质，也有可能会导致胚胎停育。怀孕后需要积极调理身体，以免影响胎儿发育。
