急性间质性肾炎的预后总体来说较好，但若肾小管间质损伤较严重，也可以引起慢性肾脏损伤，造成不可逆转的损害，有进入尿毒症的风险。通常药物因素以及感染因素造成的急性间质性肾炎，及时停止相关药物以及抗感染治疗后，给予一定的免疫抑制剂治疗，肾功能一般可以完全恢复或好转。非感染性因素如免疫因素、血液系统疾病引起的急性间质性肾炎，预后要看原发病治疗和控制的情况而定。特发性急性间质性肾炎目前来说找不到明确病因，预后不如药物和感染引起的急性间质性肾炎好。
