卵巢囊肿组织成分复杂，病因不明，但考虑和以下几个方面原因相关：1、环境和饮食，环境污染、饮食结构失衡等都有可能影响到生殖系统机能；2、激素水平异常对卵巢囊肿的发生、发展都起着重要作用；3、感染也可导致卵巢囊肿，盆腔感染反复发作时，容易使输卵管管壁增厚，导致炎性渗出，影响到卵巢机能，最终导致卵巢囊肿；4、遗传：目前研究发现很多卵巢肿瘤与遗传基因相关。5、经血逆流：巧克力囊肿就可考虑是逆流经血种植在卵巢表面引起的。
