肝脓肿一般是病原微生物感染所致，常见的是大肠埃希菌、金黄色葡萄球菌、阿米巴原虫、真菌等，这些微生物积聚在肝内，导致炎症发生，肝脏组织液化坏死，从而形成脓肿。肝脓肿常见的病因是细菌性感染，比如患有胆道结石、胆道蛔虫或胆道肿瘤的患者受到细菌感染后会引起肝脓肿。其次，急性阑尾炎，憩室炎等致病菌如果没有及时控制，会通过门静脉进入肝脏，从而形成肝脓肿。最后，身体内的其他部位细菌感染或者邻近肝脏一些器官的细菌感染，同样会通过血行途径导致肝脏受累感染。
