胃间质瘤活检需要穿刺或钳取，有出血或肿瘤细胞脱落的风险。胃镜下呈现黏膜下隆起病变，胃镜下活检不易取到病理。可超声内镜引导下细针穿刺，能获取组织活检样本，这种方法一般不会导致腹腔种植转移。对于某些病人无法在手术前进行组织活检，或者活检样本仍无法明确肿瘤性质时，则需要在手术切除后再次进行病理检测。如果选择经腹腔穿刺活检，可能会造成肿瘤破裂或者出血，甚至肿瘤播散等风险，如果肿瘤腹腔内广泛转移或手术不能切除，但必须有病理结果才能靶向药物治疗，那就采用此办法。
