引起肾囊肿的原因尚不完全清楚,目前认为其发生与先天和后天存在的多种因素有关。
肾囊肿多起源于肾小管,尤以近端肾小管多见,囊肿与肾小管相连,可能是由于某些原因引起肾单位阻塞所致。部分肾囊肿起源不明,且不与肾小管相连,表明其为非肾小管的其他来源,可能与上皮细胞增殖及上皮细胞分泌等因素有关。而多囊肾是一种先天的家族遗传性疾病,它是由家族遗传基因变化引起的。现代医学研究证明,不良的情绪变化也是诱发肾囊肿发生的因素之一。