临床上，很多心脏疾病的发生都与遗传有一定的关系，先天性心脏病只是其中的一种，而且遗传率是很小的。虽然有家族遗传性，但并不是完全由家族遗传因素构成，还有胎儿发育的环境因素，比如说妊娠前三个月有病毒或者是感染，像风疹病毒、柯萨奇病毒。由于感染出生的婴儿，心脏病的发病率是比较高的。
还有羊膜改变、胎儿受压、先兆流产、母体营养不良、糖尿病、高血钙、放射线或细胞毒性药物在妊娠早期的应用、母亲年龄过大等等，这些都可以使胎儿发生先天性心脏病。
有些先天心脏病在高原地区比较多见，有显著的男女性别间的发病差异，比如出生地、海拔高度与性别，与心脏病的发病是有关系的。
