胃间质瘤可能是良性的，也可能是具有胃部恶性肿瘤生物学特点的胃部肿瘤。
胃间质瘤是一种常见的来源于间叶组织的胃部肿瘤。这种肿瘤根据其直径的大小、核分裂象的多少，其危险度分级也有所不同。
一般情况下，对于危险度分级低的患者来说为良性病变，仅需要通过手术治疗将其切除后定期复查即可。
而对于病变较大、核分裂相较多、危险度分级较高的患者来说，一般考虑其具有恶性肿瘤生物学行为的特点，存在复发或转移的情况，这种情况下可认为其为恶性，但是其性质同癌症存在本质上的区别。
