小的胃间质瘤可以暂时不做手术，大的胃间质瘤最好手术，但并非必须手术。
手术切除病症，是治疗胃间质瘤的主要手段。但是当胃间质瘤体积比较小、直径不足2.0cm的时候，通常没有做手术治疗的必要，所以可以暂不手术。
直径在2.0cm及以上的胃间质瘤，只要瘤细胞没有发生全身广泛转移、没有严重的心肺疾患，原则上来说就应该进行手术治疗。
胃间质瘤体积过大，或者胃间质瘤出现了全身广泛转移，通常都不再适合手术治疗，这个时候一般以分子靶向治疗为主。
部分患者经过靶向治疗后具备了手术的条件，仍然应该进行手术。
