胃平滑肌瘤与胃间质的区别主要是肿瘤起源的具体细胞的不同，且前者为良性肿瘤，而后者危险度分级较高时，具有恶性肿瘤的生物学行为。
胃平滑肌瘤和胃间质瘤都是起源于间叶源性的肿瘤。而胃平滑肌瘤是最常见的胃部良性肿瘤，多见于胃体和胃窦部。
胃间质瘤起源于胃肠道为定向分化的间质细胞，其分子生物学特点是C-kit基因发生突变，导致酪氨酸激酶受体持续活化，刺激肿瘤细胞持续增殖。
并且这种肿瘤如果体积较大、高倍镜下核分裂较多，则危险度分级高，应视为具有恶性潜能的肿瘤，存在复发或转移的可能。而胃平滑肌瘤由于是良性肿瘤术后可达到完全治愈，但是这种疾病也存在一定恶变的可能。
