萎缩性胃炎的治疗，主要以对因治疗和对症治疗为主。
大部分萎缩性胃炎的患者都会伴有幽门螺杆菌感染，需要严格按照疗程规范使用药物，根治幽门螺杆菌感染。同时要给患者服用抑酸剂或质子泵抑制剂、胃黏膜保护药等延缓胃黏膜损伤，促进胃黏膜的修复。如果患者有明显的消化不良和胃胀等症状时，需要给患者服用助消化的药物进行治疗。
对于中重度的不典型增生，药物不可逆转时，需要考虑在胃镜下行黏膜剥离术。如果患者伴有精神症状时，需要使用抗焦虑和抗抑郁的药物进行治疗。
