巧克力囊肿破裂以后应该进行手术治疗，手术治疗可以直接将破裂后，囊肿内的液体清理干净，以防止引起腹部炎症，同时还可以将巧克力囊肿直接剥离干净，以防止复发。
还有一种治疗方式就可以使用促性腺激素释放激素类似物来治疗，采用这种治疗方式，可以阻止巧克力囊肿内的炎性物质到处传播，但是治疗时间比较长，大概需要三个月到半年。
不管用哪种治疗方式，首先都应该立即明确诊断，因为巧克力囊肿一旦破裂过后，囊肿内的液体流入腹腔，这有可能会引起急腹症。
