肾积水是尿路梗阻导致，所以治疗方法首先要尽快解除梗阻状态，并去除诱发因素，保护患者的肾脏功能。如果是先天性肾盂输尿管连接部狭窄引起的肾积水，可通过开放性或者腹腔镜成型手术进行治疗，主要目的是解除狭窄。
如果是输尿管结石引起的梗阻，可根据结石的大小和位置选择微创手术和开放性手术取石，比如在临床上常用的有体外冲击波碎石、输尿管镜下或经皮肾镜下碎石技术，对于体积较大的结石，必要时也可考虑传统手术。如果是膀胱出口梗阻性疾病引起的肾积水，比如前列腺增生症等，可通过留置导尿管引流尿液，在病情稳定情况下，可进行增生前列腺切除术。
