肾积水的治疗，应遵循疾病的治疗原则，即对因治疗和对症治疗。首先要找到积水的原因，常见原因可能是结石、结核、输尿管畸形等，一般需行B超、CT或磁共振检查进一步明确，其次查肾功能，可行肾动态显像。
举例来说如果是结石所致的，可考虑行体外冲击波碎石或输尿管镜碎石，或者药物排石等。如果是肾盂输尿管连接部狭窄可行肾盂成形术。肾结核需要正规抗结核药物，再行肾切除。
当一些人出现非常严重的肾积水时，也可先对症治疗，比如通过外部插管，先将积水排出，使肾脏功能得到保护，或者是内部插管，从肾脏到膀胱放一个管引流肾积水，对症治疗。
