胆汁反流性胃炎的病因包括原发性因素和继发性因素两类。
原发性胆汁反流性胃炎，通常胃和十二指肠的结构都是完整的，主要由于胃肠道功能紊乱，导致蠕动功能减弱而引起胆汁反流，一些慢性胃和十二指肠病变如消化性溃疡、胰腺炎、胆囊炎等因素都可以导致胃肠功能失调。
另外，一些精神因素和不良生活习惯也可以加重胆汁反流。继发性胆汁反流性胃炎通常见于胃大部切除术后，因为幽门括约肌被切除而丧失了阻止胆流胆汁反流的括约肌，因此胃大部切除术后最常见的并发症就是胆汁反流性胃炎。中医讲胆汁反流大部分是由于肝郁克脾，使脾不升清，胃不降浊导致的。
