通过肠镜可以观察到人体的肛管、直肠、结肠、回盲部黏膜状态，肠镜检查可以发现结肠炎症、结肠的肿瘤、息肉、出血、溃疡、寄生虫等引起的病变。纤维结肠镜不仅能检查肿瘤大小、部位、形态，甚至可以发现早期癌变。节肠镜既可以用于疾病诊断，也可以作为治疗仪器，若检查时发现息肉或早期微小的病灶可以在结肠镜下切除，对于可疑的病灶可以定向取组织进行活检。对不明原因下消化道出血、不明原因腹泻、不明原因腹部肿块，都可以行肠镜检查。
