拉肚子针灸的部位主要需根据急性腹泻与慢性腹泻的不同，选择不同的穴位。急性腹泻的患者拉肚子势急且次数增多明显，伴有腹痛、肠鸣现象，此时常选取水分、天枢、上巨虚与阴陵泉进行通调腑气、除湿导滞治疗。同时，若为湿热腹泻则可以配以丰隆、内庭穴；食滞引起的拉肚子可以配中脘穴；寒湿腹泻则可艾灸神阙、关元穴位。
慢性腹泻则一般选取天枢、足三里、神阙、关元穴位以健脾温肾。若是脾胃虚弱为主的患者则配以太白、脾俞、阴陵泉。
