颈椎间盘突出症的患者，若前往专业机构在专业医师的操作下进行针灸治疗，一般并没有什么副作用，可能会在偶尔针刺时引发皮下小出血，但经过及时的按压处理后，会慢慢消失，无需过于担心。
但若医生练操作不当，可能会使针刺角度以及深度不宜，从而损伤脊髓或是扎伤椎动脉，甚至造成瘫痪；而若针刺肩井穴位过深，也可能会导致气胸；若是针刺时不进行严格无菌操作，有可能会导致感染。因此，若想使用针灸治疗椎间盘突出症，一定要选择正规的机构，医师在进行针灸操作时一定要熟记人体结构，以免对患者造成损伤。
