绝经后卵巢囊肿是否会自行消失的情况具体如下：
1.生理性卵巢囊肿。生理性卵巢囊肿属于良性肿瘤，在绝经后有可能会消失。生理性卵巢囊肿是指卵巢在排卵后形成了黄体，黄体内如果有少量出血时，卵泡内部压力增高，会随着压力进一步增高，导致囊肿形成，一般不会对身体造成影响，通常不需要做特殊治疗。
2.病理性卵巢囊肿。病理性的卵巢囊肿绝经后自行消失的可能性很小，对于没有症状的，可定期到医院做B超检查。但如果发现性交疼痛、压迫症状等，要及时到医院通过药物等治疗。
