患者一旦确诊为甲状腺功能减退，应明确是为原发性甲减还是继发性甲减，并在医生指导下进行药物治疗。原发性甲减的患者在医生的建议下服用甲状腺激素，药物剂量应遵医嘱根据患者病情、年龄和体重等决定。若服药时出现心悸、手抖、失眠等症状时应立即就诊调整剂量，切不可擅自减少药量或停止服药。同时甲状腺功能减退的患者日常还需要保证碘的摄入量，可选择食用紫菜、海带等含碘量较高的食物。
继发性甲减患者还需要根据病因进行治疗。若伴有贫血的患者可遵循医嘱选择维生素B12、叶酸、铁剂进行治疗。若甲减患者出现黏液性水肿昏迷时，应进行补液、静脉注射甲状腺激素治疗。
