继发性痛经可能会造成不孕，引起继发性痛经的原因可能包括子宫内膜异位症、子宫腺肌症、子宫畸形以及慢性盆腔炎等，这些原发的疾病有可能导致不孕。
不同疾病导致的痛经及不孕，其机制不同。如果是卵巢子宫内膜异位症，可能会影响卵巢的正常功能，从而影响其雌孕激素分泌以及排卵，而导致不孕；如果合并盆腔子宫内膜异位症，可能导致盆腔内粘连，输卵管走形异常，影响精子和卵子结合以及受精卵的输送，而导致不孕。慢性盆腔炎的患者，可能导致输卵管粘连、堵塞等，从而引发不孕。子宫腺肌症严重的可以影响子宫内膜正常的生理功能，进而可以导致不孕。
