卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位在卵巢形成的囊性包块，属于良性病变，很少会发生癌变。近年来研究表明巧克力囊肿有恶变可能，但恶变率非常低，大约1%。其临床表现主要有下腹疼痛、痛经、不孕或月经的改变，妇科检查或B超会发现附件区的囊性包块。
在临床上如果出现：囊肿增大非常明显或者突然快速的长大，直径大于10个公分；CA125大于200U/mL；节律性的疼痛发生改变或绝经后又复发；影像学检查囊性包块里有实性的表现等情况，都应警惕卵巢巧克力囊肿恶变，而且一旦巧克力囊肿恶变，可能恶性度比较高，如子宫内膜样癌或者卵巢透明细胞癌。
