关于肠胃炎的治疗，西医以抗感染消炎、止泻、补液为主，中医以健脾和胃为主。
临床中西医常用的药物类型有H2受体拮抗剂、PPI类、弱碱性抗酸剂、铋剂、抗生素等。PPI类药物为治疗肠胃炎的首选药物 , 可抑制胃酸的分泌，减少胃酸分泌量。H2受体拮抗剂可有效改善消化道粘膜的水通透性，减少肠道黏膜刺激，缓解腹泻，抑制炎症发展。喹诺酮类抗生素对大部分肠杆科细菌的抗菌活性显著，可以大大降低机体中细菌毒素。由于肠胃炎的发生多与幽门螺杆菌感染有关，临床上多采用四联根除幽门螺杆菌治疗。中医治疗肠胃炎则主要根据辨证分型进行辨证用药。
