较小的巧克力囊肿没有明显的症状，可以暂时观察或者使用药物治疗。如果巧克力囊肿有明显腹痛、流血、引起不孕等症状，或者囊肿较大，反复破裂或者生长比较迅速，则需要行手术治疗，目前主要手术方式为囊肿剥除术，但是术后仍需要定期复查，以防其复发。巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，当子宫内膜异位在卵巢，卵巢里的子宫内膜每个月剥脱、出血形成囊肿，类似于巧克力状，故称为巧克力囊肿。
