一般情况下卵巢巧克力囊肿是可以怀孕的。如果卵巢巧克力囊肿不大，没有影响到卵巢的正常功能，可以正常的排卵怀孕；如果卵巢巧克力囊肿比较大，影响到了卵巢的功能，卵巢不能正常排卵，在这种情况下女性是不容易受孕的。
巧克力囊肿如果小，早期包块小于4-5cm，可以不考虑手术，用其他的方法，比如药物治疗。如果到了严重的阶段，盆腔广泛粘连，或者卵巢巧克力囊肿包块＞5cm影响受孕，这个时候就要考虑做手术。
如果发现有卵巢巧克力囊肿，没有及时去治疗，随着每次来月经，囊肿里面都有出血、压力增大，囊肿都会有微破口破开，对身体会有一定的影响。
