胚胎停止发育50%-60%是因为胚胎本身异常造成的，最常见的是胚胎染色体数目或者结构的异常，也可以看做是自然淘汰的过程。其他因素包括：母体的原因，比如感染、高烧及血栓性疾病等全身性疾病；生殖道异常，比如子宫纵隔、单角子宫、子宫肌瘤及子宫腺肌病等；还有母体的内分泌紊乱、免疫功能异常或者不良的习惯；此外父亲精子异常也可以导致胎停育；最后接触过多的射线和毒物也可能造成胎停育。
