发生胚胎停育的原因主要包括以下几种，父母染色体异常，怀孕期间孕妇有不良嗜好或长期情绪不好，或者孕早期受到环境中有害成分的影响，或者妊娠期病原微生物感染等。
胚胎停育多见于怀孕前三个月，受精卵发育成胚胎的过程中，是个相对比较复杂的过程。在孕早期要尤其注意，远离有污染或者有毒的环境，这些可能会对胎儿造成严重的不良影响，引发先兆流产或者胚胎停育。
此外，部分夫妻有遗传病，也会导致胚胎停育，这是小概率事件，但是确实存在这种情况。
