健康男性精子通常是干净，但如果男性患有某些生殖系统感染性疾病，则精液中可能携带病原体，可能是不干净的。
从生理构成来说，健康男性的精液主要由精子与精浆组成。精浆是精子生存与活动的介质，包含多种营养物质和生物活性成分，这些成分在人体正常生理状态下产生，对人体自身无害，且在男性生殖系统内处于相对无菌的环境，一般不存在致病微生物，不会对健康造成直接威胁，所以可认为是干净的。
然而，当男性生殖系统出现感染性疾病时，情况就会改变。例如，患有淋病、梅毒、衣原体或支原体感染等疾病，病原体就会侵入生殖系统，并可能随着精液的排出而存在其中。此时，精液就可能成为传播疾病的媒介，不仅对男性自身的生殖健康造成损害，还可能在性接触过程中传染给性伴侣，引发相应的健康问题。
因此，判断精液是否干净不能一概而论，而应结合男性的健康状况，尤其是生殖系统的健康状况来综合考量。
