发作性睡眠呼吸暂停综合征最主要、最常见和最首选的治疗方案是呼吸机治疗，可以直接治疗夜间出现的阻塞性呼吸暂停或低通气，可以纠正阻塞性睡眠呼吸暂停综合征带来的各种呼吸生理问题。因此，阻塞性睡眠呼吸暂停综合征的最主要治疗是呼吸机治疗，其次是各种病因治疗。
中枢性睡眠呼吸暂停综合征最常见原因是心衰、房颤，两种疾病均需尽量根据患者病因进行相关治疗。中枢性睡眠呼吸暂停综合征也可以通过特殊呼吸机模式进行治疗，因此无创通气也是治疗中枢性睡眠呼吸暂停的重要手段。
