巨趾症无法在完全保留脚趾功能的前提下根治，根治一般只有采取截肢的方法来治疗。
巨趾症是先天性足畸形疾病，其治疗难度较高。若静止型巨趾症患者病情发展较为缓慢，采取骨骺阻滞手术及神经病变处理手术延缓巨趾生长，尽可能保留脚趾的功能。一般来说通过多次手术可以保肢、减容，手术以后肢体的形态相对的正常。
如果患者巨趾症无法延缓，已经长得非常大，此时通过阻滞手术已经没有明显的效果，只能采取截肢手术的方法。
此外，巨趾症影响外形，可能会导致严重的心理障碍，患者还需要接受心理治疗。
