通常情况下，巧克力囊肿的治疗主要分为药物治疗和手术治疗，具体分析如下：
- 巧克力囊肿是一种激素依赖性疾病。如果巧克力囊肿体积较小，可以遵医嘱使用口服避孕药，如炔雌醇环丙孕酮片、复方炔雌醇片等；孕激素类药物，如醋酸甲羟孕酮片、复方炔诺酮片等；促性腺激素释放激素激动剂，如注射用醋酸亮丙瑞林微球等，抑制异位子宫内膜的生长，从而达到治疗的目的。
- 但是如果巧克力囊肿体积较大，通常可以考虑进行手术治疗。如果是有生育需求的女性，可以采用保守性手术，保留卵巢的生育功能。如果是没有生育需求的女性，或是严重影响女性的身体健康，可以采取根治性手术，将子宫全部切除。
