神门穴的准确位置在尺侧腕屈肌腱的桡侧凹陷处。
神门穴位于腕横纹中，具体在手腕掌面关节小指侧的腕横纹中。如将腕横纹分成六等份，自尺侧到桡侧，第1等份与第2等份交界处即是该穴。建议取穴时可屈曲肘部，张开掌心，掌心朝上，则有助于神门穴的定位。
该穴位现代解剖位置为尺侧腕屈肌腱的桡侧凹陷处，即手向尺骨侧弯曲时，腕关节内侧的凹陷处。该穴位于尺侧腕屈肌与指浅屈肌之间，深层为指深屈肌。神门穴处分布有尺动脉、前臂内侧皮神经等。
神门穴属于手少阴心经的原穴，主要治疗心脏本身的疾病，如心悸怔忡、心绞痛等，还擅长治疗神志病变，如痴呆症、健忘、失眠、胆怯易惊等。临证时神门穴常配伍内关、心俞等穴位治疗心痛病症，配伍内关、三阴交等穴位治疗健忘、失眠等病症。建议随证选择适宜的配伍穴位。
