一般情况下，做肠镜的害处如下所示：
做肠镜检查可能会引起一定程度的并发症，比如肠道受损，严重情况下还会出现肠道穿孔，通常并发症可以在内镜下进行治疗，对机体的健康不会造成太大的影响。
若患者处于清醒状态下进行肠镜检查，由于肠镜检查内容比较复杂，而且难度不低，容易引起患者出现一定程度的不适反应，而随着肠镜不断注气，更会加剧疼痛、不适的感觉，通常在肠镜检查后就可以得到一定的缓解，若肠镜检查后疼痛更加强烈，建议需要进行进一步的检查。
肠镜检查还会对局部黏膜造成损伤，进而引起机体少量出血，一般可以自行痊愈。
若到不正规的小医院或者诊所进行肠镜检查，器械的消毒可能不合格，细菌容易在器械上面增生，导致肠镜检查出现交叉感染的危害，但是一般出现的几率比较小。
