通常情况下，做完肠镜以后肚子咕咕叫不需要治疗。肚子咕咕叫，是由于肠蠕动过快导致的肠鸣音亢进。做完肠镜以后出现这种现象，是由于做肠镜的过程中对肠管壁的刺激作用引起的。停止做肠镜后这种刺激就会被解除，休息一段时间后肠蠕动功能自然就能恢复正常，不会再出现肚子咕咕叫的声音。
如果患者症状较严重，腹痛、肠鸣比较明显，可在医生的指导下适当服用肠黏膜保护剂，比如蒙脱石散。如果患者出现大便较稀，可服用中成药黄连素。如果腹痛剧烈、脸色难看、出血量较多，则可能肠道内有出血，患者需及时就诊。
此外，还需要注意饮食，要摄入温软、易消化的食物，不要摄入易导致胀气的食物，也不要摄入生冷、刺激性大、油炸、酸辣的食物，碳酸饮料暂时不能喝。
