一般来讲患者对于胃镜和肠镜的痛苦程度以及接受度，个体差异非常大，二者不能进行比较。
- 胃镜经过口咽部，会引发患者的恶心、呕吐症状。胃镜在进入胃部后，因为要给予气体将胃腔打开，患者会出现上腹胀以及嗳气的症状，时间大约在10分钟。
- 肠镜的检查时间相对较长，肠镜是通过肛门进镜，因为肠道的拐角比较多，容易形成袢，在解袢的过程中，患者可能会出现腹胀、腹痛。对于体型适中、既往没有腹部手术史的患者，痛苦性较小；而对于比较肥胖或者过于瘦小的患者，或者既往有过腹部手术史，包括剖宫产的患者，可能腹腔中会有粘连，做肠镜的痛苦性会更大。
对于敏感人群，可以考虑做无痛的胃肠镜检查，就比较舒适。
