肛瘘有间歇期和发作期，间歇期如果无明显症状，可暂时不做特殊治疗，在发作期如果有红肿、疼痛等症状，可采取药物暂时缓解症状，局部可遵医嘱用中药坐浴，配合外敷抗菌药物，急性感染期或有全身感染的患者需要使用抗生素治疗。
如果症状反复发作，影响患者生活质量，建议通过手术治疗，手术治疗是将瘘管切开或切除，形成开放创面，有利于伤口愈合。肛瘘手术主要包括肛瘘切开术、划线疗法、肛瘘切除术。术后饮食要保持清淡，防止便秘与腹泻，避免用力排便。
