肛瘘手术是治疗肛瘘比较有效的手段，肛瘘一旦确诊，药物治疗效果往往不佳，需要通过手术切开或切除肛瘘，使创面变成开放性的，促进创面的愈合。
肛瘘手术的治疗原则是处理内口、剔除瘘管，通过准确的定位内口并且予以处理，同时要剔除瘘管周围的纤维化或坏死组织，才能最大程度避免肛瘘的反复发作。
手术方式主要有瘘管切开术、划线疗法和瘘管切除术，其中瘘管切除术适用于单纯性低位肛瘘；挂线疗法适用于高位单纯性或复杂性肛瘘；肛瘘切除术适用于低位单纯性肛瘘。
