肛瘘一旦发生是不能自愈的，一般要通过手术治疗。温水坐浴、应用抗生素和局部理疗只用于术前准备。
肛瘘术前准备包括确定肛瘘的内口，瘘管深浅以及和肛门括约肌的关系，此外还要排除结核、克隆恩氏病、性病和放线菌病等，如果有此类疾病需要积极治疗后才能手术，否则手术失败率高。
手术方法根据瘘管的高低以及和肛门括约肌的关系分为肛瘘切开术、肛瘘切除术和挂线术。手术中必须找到每一个的瘘管，一一处理好，不能遗漏，否则术后容易复发。
