小儿化脓性脑炎的出现与细菌感染有关，所以，针对该病的治疗方法主要是抗生素治疗。由于小儿化脓性脑炎的预后较差，患者死亡率和残疾率较高，所以，在确诊疾病后，即使没有明确细菌的种类，也应先使用广谱抗生素治疗，常用的主要是第三代头孢菌素。
在明确致病菌种类之后，可以选择对应的敏感抗生素。比如肺炎链球菌、脑膜炎球菌感染者可以使用青霉素类药物，如果对青霉素产生了耐药性，可以使用第三代头孢菌素联合碳青霉烯类抗生素治疗。药物的使用应在医生指导下进行，切勿盲目。
另外，小儿化脓性脑炎的用药疗程要足够长，否则很容易导致病情反复。
