自身免疫性脑炎存在治愈的可能性，但并非所有患者都能实现完全治愈，其治愈情况受多种因素影响。
从病情类型来看，自身免疫性脑炎包含多种亚型，不同亚型治疗效果有差异。例如抗N-甲基-D-天冬氨酸（NMDA）受体脑炎，在及时诊断和规范治疗下，多数患者预后相对较好，有较大机会恢复正常生活；而一些较为罕见或复杂的亚型，由于对其发病机制了解有限，治疗难度较大，治愈可能性相对较低。
治疗时机也至关重要。早期发现并干预，在疾病初期脑部损伤相对较轻，及时使用免疫治疗，如糖皮质激素、免疫球蛋白等，能快速抑制免疫系统对神经细胞的攻击，减少神经细胞损伤，明显提高治愈概率。若病情延误，脑部神经细胞受损严重，可能导致不可逆损伤，即便后续积极治疗，也可能遗留不同程度后遗症。
此外，治疗手段的选择和实施、患者个体差异也会影响治疗效果。除了免疫治疗外，针对癫痫发作、精神症状等需进行对症治疗，康复治疗也不可或缺。年轻、身体素质好、无其他严重基础疾病的患者，身体对治疗的耐受性和恢复能力较强，治愈可能性更高；年龄较大、伴有多种慢性疾病的患者，身体机能较差，治疗过程中易出现并发症，增加治疗难度，降低治愈成功率。
