肛门囊肿不一定需要手术治疗。
对于小的肛门囊肿以及没有临床症状的肛门囊肿主要是观察，如果没有增大、出血、炎症等表现，患者不需要手术。对于迅速增大的肛门囊肿或者有疼痛明显的肛门囊肿，必须使用手术切除。
如果肛门囊肿发生感染成肛周脓肿，在早期可以保守治疗，使用抗生素，保持大便的通畅，温水坐浴，局部热敷理疗，外敷药物，有一定的效果。在感染晚期或者保守治疗无效要及时切开引流，否则脓肿破溃形成肛瘘导致肛周脓肿反复发作造成更大的痛苦。
