肛周脓肿的治疗方法包括非手术治疗和手术治疗。非手术治疗包括应用抗生素、局部理疗、口服缓泻剂或液体石蜡来减轻排便时的疼痛感。手术治疗是治疗肛周脓肿的主要方法，一旦诊断明确，即应切开引流。常用的手术方法有肛门周围脓肿切开引流术和肛门周围脓肿切开引流术加挂线术。
对于位置较深的肛周脓肿，可以采用多口引流法或挂线引流法。在治疗过程中，要注意保护肛门括约肌的功能，避免损伤肛门周围神经和血管。同时，要确保引流通畅，防止感染扩散。术后需进行抗炎治疗和局部理疗，并保持大便通畅。对于形成的肛瘘，需要进行二次手术来治疗。
