胰腺囊肿感染，首先要控制感染，虽然胰腺囊肿是良性的病变，但是一旦发生感染都是很危重的，很容易因为急性胰腺炎而危及生命，需要进行禁食、鼻胃管减压、补液、解痉止痛、抑制胰腺分泌、营养支持、应用抗生素等多方面的综合性治疗。
其次要考虑手术治疗的可能性，如果感染反复发作，一年达到两次，就需要考虑手术。手术要在感染初步控制之后进行，常用的手术方式为联合胰腺囊肿切除手术。手术时，需要清理清除坏死组织。单发的脓肿或者感染性胰腺假性囊肿，可以选择经皮穿刺置管引流治疗。
