贲门癌的发病原因尚不十分清楚，临床还无法做到病因预防，只能对高危人群进行早发现、早诊断、早治疗的预防措施。
早发现、早诊断、早治疗是贲门癌的三级预防方法。避免贲门癌的高危因素或可降低癌症发生率，贲门癌的危险因素如下：吸烟酗酒；食品添加剂、腌制食物（亚硝酸盐）、高温辛辣食物、饮浓茶，及蛋白质、维生素（A、B2、C）缺乏和肥胖；慢性炎症刺激：食管炎、胃炎、食管憩室、贲门失弛缓症、胃食管返流、HPV感染、Barrett食管；霉变食物；遗传因素等。
