低位肛瘘的治疗方法，需要在手术治疗的基础之上，进行抗生素药物抗炎治疗。
低位肛瘘是指瘘管管道或创腔位于肛门外括约肌深层以下的肛瘘，临床症状相对较轻，病情一般不太复杂。在确诊病情后需要积极手术，可以采取肛瘘瘘管切开引流、肛瘘瘘管剔除术或者肛瘘瘘管挂线疗法。通过手术能够彻底消除肛瘘瘘管，从而治愈病变。
要采取敏感性抗生素药物抗炎治疗，例如：头孢菌素类、大环内酯类、喹诺酮类抗生素等，防止创面感染情况发生。可以结合镇痛药物、通便药物治疗，帮助患者改善伤口创面疼痛症状，同时保持大便通畅，减轻对创面的刺激。
