同其他任何手术一样，支气管源性囊肿术后可能会出现并发症。而且，支气管源性囊手术一般属于胸科手术，术后出现并发症的风险要大于一般的手术。常见的术后并发症包括，肺不张、肺水肿、气管软化、气管瘘、支气管胸膜瘘等。主要与气管受到囊肿压迫时间过长、术前麻醉以及手术损伤等有关。支气管源性囊肿晚期手术并发症主要是囊肿复发，甚至有个别支气管源性囊肿患者还会出现癌性变的可能。
对于上述不是特别严重的并发症，通过呼吸支持、充分引流、药物治疗，基本可以得到有效治愈，个别情况下可能需要借助手术干预治疗。
