肾囊肿对身体的危害需结合患者的实际病情来判断。
肾囊肿对身体的影响主要是因为它占据了肾实质，压迫肾实质影响了肾功能。若肾囊肿体积较大，当大于5×5cm时可引起包膜张力增加，可引起腰部胀痛，肾囊肿的患者还容易形成结石、感染，引起血尿、发热、腰痛、尿频、尿急、尿痛等症状。
一些特异性的肾囊肿对人体也有影响，例如囊性肾癌，虽然包囊内有水，但包壁本身可长出肿瘤，此为恶性囊肿，若不加以干预，肿瘤长大后仍可发生转移，局部侵犯，甚至会影响人类的寿命。
