卵巢囊肿和巧克力囊肿在概念上存在包含关系，在症状上有各自特点。
卵巢囊肿分为生理性囊肿和病理性囊肿，而巧克力囊肿只是病理性囊肿的一个类型，所以巧克力囊肿也是卵巢囊肿。巧克力囊肿是由于子宫内膜异位引起的，异位的子宫内膜在卵巢内生长，随着月经周期而出血，形成存在陈旧性积血的囊肿，呈咖啡色，像巧克力样，俗称“卵巢巧克力囊肿”。巧克力囊肿会随着囊肿的变大会出现痛经进行性加重，引起不孕，而且还会反复破裂、复发。
因此，从病因、外观、症状等方面，都可以区分普通卵巢囊肿和巧克力囊肿。
