扁桃体结石一般不会癌变。
扁桃体结石是由于扁桃体慢性炎症或扁桃体增生肥大，导致细菌、食物残渣聚积在扁桃体隐窝口，而隐窝口因为扁桃体慢性炎症导致隐窝口堵塞，这些堵塞的东西就会逐渐形成白色结石样的沙粒状物，也就是扁桃体结石。一部分扁桃体结石可通过漱口、咳嗽自动排出，也有一部分扁桃体结石需要到医院用镊子或冲洗方法清理，扁桃体结石会引起咽部异物感，但不会癌变。
扁桃体癌变的病因尚不清楚，检查可见一侧扁桃体明显肿大，表面溃烂，扁桃体表面不光滑，但没有扁桃体结石的现象。
